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使用SimpleITK读取NII格式三维图像及注意事项说明

目录
  • SimpleITK读取NII格式三维图像及注意事项
    • SimpleITK
    • 读取NII格式的图像
  • SimpleITK读取nii文件并显示
    • 总结

      SimpleITK读取NII格式三维图像及注意事项

      SimpleITK

      python中SimpleITK被广泛用于医学图像的处理任务中,功能非常强大,但是使用的时候还需注意,尤其在图像读取时一定要注意维度。

      读取NII格式的图像

      #读取并显示NII图像文件
      from matplotlib import pyplot as plt
      import SimpleITK as sitk
      
      img_path = 'res.nii.gz'
      I = sitk.ReadImage(img_path)
      img = sitk.GetArr编程客栈ayFromImage(I)
      plt.imshow(img[1,...], cmap='gray', interpolation='bicubic')
      plt.编程客栈xticks([]), plt.yticks([]) and Y axis
      plt.show()

      上面的代码很简单,不多做解释,加入我们在最后加上

      print(img.shape)

      如果输出(300,200,120),其中分别表示该三维体数据在Z轴,Y轴,X轴上的尺寸,这和MATLAB以及ImageJ都有点不同,后续处理一定要注意。

      SimpleITK读取nii文件并显示

      import SimpleITK as sitk
      from matplotlib import pyplot as plt
      
      def showNii(img):
        for i in range(编程客栈img.shape[0]):
      php    plt.imshow(img[i,:,:],cmap='gray')
          plt.show()
      
      itk_img = sitk.ReadpythonImage('C:\\Users\\86472\\Desktop\\1552282517.831928.nii')
      img = sitk.GetArrayFromImage(itk_img)
      showNii(img)

      总结

      开发者_Go培训上为个人经验,希望能给大家一个参考,也希望大家多多支持我们。

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