怎么根据多条SNP的解读结果得到最终结论？比如秃头？
小婷贼难过
2021-07-26 09:53
个人觉得，如果一个表型和多个SNP相关，第一查文献，第二查算法，或者第三有相应的数据开发者_JAVA技巧库支撑。例如，华法林用药原则，参考的是：WarfarinDosing.org
M36****801 2021-07-26 10:01 开发者_运维技巧
给一个参考吧。SNPedia有一种叫Genoset的类别，就是用多个SNP来判断是否会有某种症状。Genoset是一个布尔值(Boolean)，即是(true/present)和否(false/absent)。
具体到你说的秃头(Baldness)，可参考http://www.snpedia.com/index.php/Baldness。其中提到一些相关的SNP以及一个Genoset即Gs122。再从这个网页（http://www.snpedia.com/index.php/Gs122/criteria）可以看出Gs122的逻辑运算标准是：
gs122 looks for increase risk of baldness based on rs6625163(A;A) 1.2 (increased risk of baldness)rs1160312(A;A) 2 (1.6x increased risk of Male Pattern Baldness.)rs201571(T;T) 2 (more likely to go bald)rs6036025(G;G) 1.2 (more likely to go bald)and(not(gs145),
rs6625163(A;A),
or(rs1160312(A;A),
and(rs201571(T;T),rs6036025(G;G))))
其中还有一个gs145，查询后得知是判断性别为女性的Genoset，再看它的运算逻辑，呵呵，原来是用那么些SNP来判断性别的啊，作为新手的我觉得还是很有趣的。
个人觉得，如果一个表型和多个SNP相关，第一查文献，第二查算法，或者第三有相应的数据开发者_JAVA技巧库支撑。例如，华法林用药原则，参考的是：WarfarinDosing.org
M36****801 2021-07-26 10:01 开发者_运维技巧
给一个参考吧。SNPedia有一种叫Genoset的类别，就是用多个SNP来判断是否会有某种症状。Genoset是一个布尔值(Boolean)，即是(true/present)和否(false/absent)。
具体到你说的秃头(Baldness)，可参考http://www.snpedia.com/index.php/Baldness。其中提到一些相关的SNP以及一个Genoset即Gs122。再从这个网页（http://www.snpedia.com/index.php/Gs122/criteria）可以看出Gs122的逻辑运算标准是：
gs122 looks for increase risk of baldness based on rs6625163(A;A) 1.2 (increased risk of baldness)rs1160312(A;A) 2 (1.6x increased risk of Male Pattern Baldness.)rs201571(T;T) 2 (more likely to go bald)rs6036025(G;G) 1.2 (more likely to go bald)and(not(gs145),
rs6625163(A;A),
or(rs1160312(A;A),
and(rs201571(T;T),rs6036025(G;G))))
其中还有一个gs145，查询后得知是判断性别为女性的Genoset，再看它的运算逻辑，呵呵，原来是用那么些SNP来判断性别的啊，作为新手的我觉得还是很有趣的。
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