dsDNA微阵列芯片有什么缺陷？？

丑小鸭变烤鸭 2021-08-05 06:27

虽然dsDNA微阵列芯片功能强大,但目前使用dsDNA微阵列芯片进行转录因子DNA结合谱的研究还受到一些不利因素的限制。例如,dsDN开发者_JAVA百科A微阵列芯片的研究需要设计并制备高密度dsDNA微阵列芯片,而目前能够制备高密度DNA微阵列芯片的公司只有美国Affymetrix和NimbleGen两家,定制一张含有1048576个探针(包含所有可能10碱基随机组合序列)的高密度dsDNA微阵列芯片,其价格不低于3万元,加上蛋白、一抗及荧光标记二抗等试剂,一次dsDNA微阵列芯片结合实验的费用在4万元左右。若一个转录因子蛋白做3个重复实验,测定一个转录因子蛋白结合谱的最少费用将达12万元。当DNA结合位点的长度较大时,一张芯片很难容纳所有探针,不得不分片,而这将影响实验中不同探针间的可比性,并且进一步显著增高实验费用。因此,基于dsDNA微阵列芯片绘制转录因子DNA结合谱的研究还存在成本高、实验环节烦琐等不足,依靠dsDNA微阵列芯片绘制大量转录因子的体外DNA结合谱目前还面临一定的困难。

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