组装结果的差异是否直接导致文章发表档次的高低？？

迷茫的椰子 2021-08-27 10:14

大家通常比较关注这个问题，然而事实并非如此。组装结果是评价一个物种基因组项目结果好坏的重要的指标，如Scaffold N50的长度、基因组的覆盖率等。其中，Scaffold N50是指通过shotgun文库测序的数据及mate pair文库的数据组装后得到的所有Scaffold按照长度从大到小的顺序依次累加，待总和为所有Scaffold总长一半时遇到的那个Scaffold长度。因此，Scaffold N50越长说明组装结果越好。最理想的组装结果是物种有几条染色体就组装得到几个Scaffold，即每个Scaffold都是一条染色体。

基因组覆盖率是指组装得到的序列占物种基因组大小的比例，假如一个物种的基因组大小是1Gb，组装得到0.8Gb，则基因组覆盖率为80%。然而，由于物种基因组中重复序列的存在及基因组杂合度的影响，大型真核生物的全基因组测序项目很难达到100%的覆盖率。纵观全基因组测序项目发表的文章，小麦基因组项目连续发表3篇Nature文章，而Scaffold N50只有19Kb及60多Kb；发表在Nature杂志的轮虫基因组Scaffold N50为仅259Kb。然而，发表在Nature Communication杂志的双峰驼基因组Scaffold N50高达2Mb多；发表在GB杂志的中国莲基因组Scaffold N50达3.4Mb。从这些案例中不难看出，组装结果对文章档次的影响并非至关重要的开发者_运维问答。当文章的其他方面如分析等处于同等水平时，更好的组装结果会使文章锦上添花，然而反之未必亦然。

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