要测动物线粒体基因组序列，各位有什么好办法？？

王斌 2021-10-20 07:30

直接用二代测序的技术就ok了。
哺乳动物的线粒体基因组最小，果蝇和蛙的稍大，酵母的更大，而植物的线粒体基因组最大。人、小鼠和牛的线粒开发者_Go百科体基因组全序列已经测定，都是16.5 kb左右。

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360U2931679217 开发者_运维知识库 2021-10-20 07:43

在 P CR 技术引入线粒体 DNA ( 简称 mtDNA )分离以前 ,对于线粒体基因组全序列的测定 ,主要包括以下
2 部分内容 : ( 1 )高纯度 m t DNA 的获得 ; ( 2 ) m t DNA 片段化成适于克隆测序的短 DNA 片段 。
1 . 1 　 高纯度 m t D NA 的获得
高纯度 m t DNA 的获得 ,主要有密度梯度离心法和差速离心法 。 此外 , 还有在此基础上进行局部优化的方法 ,如 DN a s e法 、 碱变性法和改良的碱变性法等。
氯化铯密度梯度离心法
氯化铯密度梯度离心 ,不事先制备密度梯度 ,而是制备 6 mo l /L 氯化铯溶液 , 待分离的大分子溶解在氯化铯中时 ,置于高离心场中 ,氯化铯开始沉降 ; 经过几小时后达到平衡 ,形成稳定的氯化铯密度梯度 ,大分子混合物按照颗粒的密度分布 , 在各区带中被分开 。此法可获得极高分辨力 , 特别适用于分离不同类型的核酸。
差速离心法
差速离心法 ,又称为分级离心法 ,由 Ta m u r a 和 Ao ts uka 最早建立 , 由于组织匀浆后的混合液中 , 不同组分的质量不同 ,利用在离心力场下沉淀它们的离心力不同的原理将组分分离 。 为了获得特定的组分 ,通常需要进行一系列的离心 。 首先选择较低的离心速度和较短的离心时间 ,将不需要的大粒子沉淀去除后 ,再选择较高的离心速度和较长的离心时间 ,将所需的组分沉淀下来 ,而大多数更小的粒子则留在上清液中。
1 . 2 　 线粒体 DNA 片段化
上述方法获得 m t DNA 通常通过限制性内切酶消化或超声波随机打断的方法 ,片段化为适合克隆测序的短 DNA 片段 。
参考公布的线粒体基因组研究通用引物,或通过近源物种的线粒体基因组全序列 , 设计出能覆盖全
基因组的引物 ,采用常规 P CR 技术直接由总 DNA 中对线粒体基因组进行扩增 ,形成一系列长度短于 5 kb的DNA 片段 , 并将其克隆进质粒载体进行测序 。

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