二代测序技术在治疗肿瘤方面有哪些具体的应用？？
_WeCh****026275
2021-11-10 22:21
开发者_JS百科
第二代测序技术能为肿瘤细胞中基因组的改变提供洋细、特异的信息,并且能以较低的成本捉供海量数据,这就为肿瘤组织基闶组分析提供了一条便捷之路,最近,有报道称对于急性粒细胞白血病的全丛因组测序己经通过丨llumina/Solexa测序完成,这为肿瘤基因组学的进一步深入研究提供了良好的平台和工具。
落败的青春阳落s 2021-11-10 22:29
1 肿瘤基因组序列的再测序 高通量测序可以帮助研究者跨过文库构建这一实验步骤，避免了亚克隆过程中引入的偏差。 依靠后期强大的生物信息学分析能力，对照一个参比基因组（reference genome）高通量测序技术可以非常轻松完成基因组重测序（re-se开发者_JS百科quencing）。进而可以分析肿瘤基因组的拷贝数、多态性、不同类型的突变、基因相关性等。
2 全基因组基因表达谱的分析 Mortazavi等人对小鼠的大脑、肝脏和骨骼肌进行了RNA 深度测序，这项工
作展示了深度测序在转录组研究上的两大进展，表达计数和序列分析。对测得的每条序列进行计数获得每个特定转录本的表达量，是一种数码化的表达谱检测，能检测到丰度非常低的转录本。分析测得的序列，约90%的数据显示落在已知的外显子中，同时，也发现了许多序列并不在已知的外显子序列中，而那些在已知序列之外的信息，通过数据分析展示的是从未被报道过的RNA剪切（alternative splicing）、3’端非翻译区、变动的启动子（alternative promoter）以及潜在的小分子RNA前体，发现至少有3 500个基因拥有不止一种剪切形式。而这些信息用传统技术是无法被发现的。新一代高通量测序技术还被用于对基因转录起始位点的研究，例如，Balwierz等利用高通量测序技术分析了122个样本的转录起始位点，构建了人和鼠的启动子转录起始位点图谱，包括转录起始位点、转录起始簇和转录起始区域三个层次。同样，这项研究也是很难用传统的方法实现的。
3 全基因组小分子RNA的分析 测序方法能轻易地解决芯片技术在检测小分子时遇到的技术难题（短序列，高度同源）， 而且小分子RNA的短序列正好配合了高通量测序的长度，使得数据“不浪费”，同时测序方法还能在实验中发现新的小分子RNA。
4 全基因组层次上甲基化分析 近年来研究者不断探索定性及定量检测单个或多个甲基化位点的方法，但由于甲基化多态性区域存在的密度很高，所以对于常规的延伸反应，其引物的位置很难设计。焦磷酸测序技术能够快速地检测甲基化的频率，对样品中的甲基化位点进行定性及定量检测。
5 染色体结构的分析 在DNA-蛋白质相互作用的研究上，染色质免疫沉淀-深度测序（ChIP-seq）实验也展示了其非常大的潜力 。染色质免疫沉淀以后的DNA直接 进行测序，对比ref seq可以直接获得蛋白DNA结合的位点信息，相比ChIP-chip，ChIP-seq可以检测更小的结合区段、未知的结合位点、结合位点内的突变情况和蛋白亲合力较低的区段。和基因芯片一起，新一代基因 测序技术，使人们能从整体的全基因组的层次上，认识肿瘤的分子机制，为肿瘤的预防和治疗，提供了新的基础。
第二代测序技术能为肿瘤细胞中基因组的改变提供洋细、特异的信息,并且能以较低的成本捉供海量数据,这就为肿瘤组织基闶组分析提供了一条便捷之路,最近,有报道称对于急性粒细胞白血病的全丛因组测序己经通过丨llumina/Solexa测序完成,这为肿瘤基因组学的进一步深入研究提供了良好的平台和工具。
落败的青春阳落s 2021-11-10 22:29
1 肿瘤基因组序列的再测序 高通量测序可以帮助研究者跨过文库构建这一实验步骤，避免了亚克隆过程中引入的偏差。 依靠后期强大的生物信息学分析能力，对照一个参比基因组（reference genome）高通量测序技术可以非常轻松完成基因组重测序（re-se开发者_JS百科quencing）。进而可以分析肿瘤基因组的拷贝数、多态性、不同类型的突变、基因相关性等。
2 全基因组基因表达谱的分析 Mortazavi等人对小鼠的大脑、肝脏和骨骼肌进行了RNA 深度测序，这项工
作展示了深度测序在转录组研究上的两大进展，表达计数和序列分析。对测得的每条序列进行计数获得每个特定转录本的表达量，是一种数码化的表达谱检测，能检测到丰度非常低的转录本。分析测得的序列，约90%的数据显示落在已知的外显子中，同时，也发现了许多序列并不在已知的外显子序列中，而那些在已知序列之外的信息，通过数据分析展示的是从未被报道过的RNA剪切（alternative splicing）、3’端非翻译区、变动的启动子（alternative promoter）以及潜在的小分子RNA前体，发现至少有3 500个基因拥有不止一种剪切形式。而这些信息用传统技术是无法被发现的。新一代高通量测序技术还被用于对基因转录起始位点的研究，例如，Balwierz等利用高通量测序技术分析了122个样本的转录起始位点，构建了人和鼠的启动子转录起始位点图谱，包括转录起始位点、转录起始簇和转录起始区域三个层次。同样，这项研究也是很难用传统的方法实现的。
3 全基因组小分子RNA的分析 测序方法能轻易地解决芯片技术在检测小分子时遇到的技术难题（短序列，高度同源）， 而且小分子RNA的短序列正好配合了高通量测序的长度，使得数据“不浪费”，同时测序方法还能在实验中发现新的小分子RNA。
4 全基因组层次上甲基化分析 近年来研究者不断探索定性及定量检测单个或多个甲基化位点的方法，但由于甲基化多态性区域存在的密度很高，所以对于常规的延伸反应，其引物的位置很难设计。焦磷酸测序技术能够快速地检测甲基化的频率，对样品中的甲基化位点进行定性及定量检测。
5 染色体结构的分析 在DNA-蛋白质相互作用的研究上，染色质免疫沉淀-深度测序（ChIP-seq）实验也展示了其非常大的潜力 。染色质免疫沉淀以后的DNA直接 进行测序，对比ref seq可以直接获得蛋白DNA结合的位点信息，相比ChIP-chip，ChIP-seq可以检测更小的结合区段、未知的结合位点、结合位点内的突变情况和蛋白亲合力较低的区段。和基因芯片一起，新一代基因 测序技术，使人们能从整体的全基因组的层次上，认识肿瘤的分子机制，为肿瘤的预防和治疗，提供了新的基础。
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