基因组测序和外显子组测序有什么差异？孰优孰劣？？

沈二姐 2021-11-20 12:34

开发者_如何学编程
测序数据量和深度：
全基因组
数据量：90G；覆盖深度：30X，深度不够深，但对于先天性突变（germline mutation,也就是胎里带来的基因突变），可以足够好地分析；
外显子组
数据量：5~10G；覆盖深度，50~100X，深度更深，在对肿瘤等somatic mutation的检测中，对低频突变(low allele frequency)的有更好的灵敏度；
测序所用时间：
全基因组：7个工作日，其中：1~2天建库，3天测序（基于HiSeq X Ten），1~2天数据分析；
外显子组：20个工作日，其中：1~2天建库，3天捕获，12天测序（基于HiSeq 2000 PE100模式），1~2天数据分析；
有效数据的覆盖均一性
全基因组：99.8%以上的区域会有15倍上以的上覆盖深度，而且覆盖高度均一
外显子组：因为杂交捕获过程造成覆盖不均一，平均100X的测序深度，可能会有10%的区域的覆盖深度不足15X
可以检测到的突变内容
全基因组：点突变，SNP、单碱基突变、小片段插入、缺失，indel、大片段的拷贝数变异（增加或减少），CNV（copy number variation）；
外显子：点突变，SNP、单碱基突变、小片段插入、缺失，indel、不容易准确地测到CNV，因为外显子的覆盖深度变化太大，导致对原拷贝数的变异不敏感；
实验操作的复杂度
全基因组：实验操作方便，只有抽DNA、建库、测序，一共三步；
外显子组：比全基因组多了一个杂交捕获的过程，导致操作的复杂度高许多；
结论
全基因组测序：更快、更均一、操作更方便，但同样成本条件下深度不够，2014年下半年，全基因组测序会大范围地替代外显子组测序
外显子组测序：只有测序深度一项上还略有优势，在未来1~2年时间内，会在肿瘤的科研、诊断中占有一小片地盘

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