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基因组测序和外显子组测序有什么差异?孰优孰劣??

沈二姐 2021-11-20 12:34

开发者_如何学编程
测序数据量和深度:
全基因组
数据量:90G;覆盖深度:30X,深度不够深,但对于先天性突变(germline mutation,也就是胎里带来的基因突变),可以足够好地分析;
外显子组
数据量:5~10G;覆盖深度,50~100X,深度更深,在对肿瘤等somatic mutation的检测中,对低频突变(low allele frequency)的有更好的灵敏度;
测序所用时间:
全基因组:7个工作日,其中:1~2天建库,3天测序(基于HiSeq X Ten),1~2天数据分析;
外显子组:20个工作日,其中:1~2天建库,3天捕获,12天测序(基于HiSeq 2000 PE100模式),1~2天数据分析;
有效数据的覆盖均一性
全基因组:99.8%以上的区域会有15倍上以的上覆盖深度,而且覆盖高度均一
外显子组:因为杂交捕获过程造成覆盖不均一,平均100X的测序深度,可能会有10%的区域的覆盖深度不足15X
可以检测到的突变内容
全基因组:点突变,SNP、单碱基突变、小片段插入、缺失,indel、大片段的拷贝数变异(增加或减少),CNV(copy number variation);
外显子:点突变,SNP、单碱基突变、小片段插入、缺失,indel、不容易准确地测到CNV,因为外显子的覆盖深度变化太大,导致对原拷贝数的变异不敏感;
实验操作的复杂度
全基因组:实验操作方便,只有抽DNA、建库、测序,一共三步;
外显子组:比全基因组多了一个杂交捕获的过程,导致操作的复杂度高许多;
结论
全基因组测序:更快、更均一、操作更方便,但同样成本条件下深度不够,2014年下半年,全基因组测序会大范围地替代外显子组测序
外显子组测序:只有测序深度一项上还略有优势,在未来1~2年时间内,会在肿瘤的科研、诊断中占有一小片地盘


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