FPKM和RPKM的区别是？？

江笛青 2021-04-20 06:09

看你的用途啦

表达谱是chip-seq测的吗，目的是寻找差异表达吗？如果是，应该采用FPKM或RPKM标准化的结果。多数情况下芯片开发者_高级运维测序结果都有多个replicates，可以直接用标准化后的数据（FPKM或RPKM）做t-test来寻找差异表达基因。

F是fragments，R是reads，如果是pair-end测序，每个fragments会有两个reads，FPKM只计算两个reads能比对到同一个转录本的fragments数量，而RPKM计算的是可以比对到转录本的reads数量（即不管是不是两个reads是不是能比到同一个转录本上）。如果是single-end测序，二者FPKM和RPKM是一致的。

一个fragments的两个reads比到不同的转录本的情况是不多见的，可能是比对错误也可能是发生了转录本的融合什么的。多数情况下二者使用情形差不多，如果希望找转录本融合之类的变异可以用二者差异来

如果是不带biological replicates的RNA-seq结果，由于不能做t-test，而RNA测序reads分布符合负二项分布，不建议采用RPKM或者FPKM直接比较寻找差异表达基因，而是利用基于负二项分布模型的软件（如DESeq和edgeR），用原始的可比对的reads数进行计算

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