有没有软件，直接给一大段序列，然后预测里面是不是有miRNA呢？？

2023-02-23 16:07 问答作者：运维知识库

杨丽琴 2021-05-27 12:33

开发者_JAVA百科
有的。一般是使用比对软件直接将测序得到序列与miRBase数据库比对来鉴定miRNA的，用来比对的软件一般是bowtie，用来鉴定和识别新miRNA的话，则使用miRDeep2。
miRBase数据库主要收集了现在已知miRNA的序列，并有注释和miRNA靶基因等信息，一般要识别已知miRNA，就可以用bowtie将序列比对到miRBase数据库来确定，但是要鉴定新的miRNA只用这个数据库就不够了，就需要依据miRNA的结构特点，进行预测，这时候就要用到miRDeep2了。