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有没有软件,直接给一大段序列,然后预测里面是不是有miRNA呢??

杨丽琴 2021-05-27 12:33

开发者_JAVA百科
有的。一般是使用比对软件直接将测序得到序列与miRBase数据库比对来鉴定miRNA的,用来比对的软件一般是bowtie,用来鉴定和识别新miRNA的话,则使用miRDeep2。
miRBase数据库主要收集了现在已知miRNA的序列,并有注释和miRNA靶基因等信息,一般要识别已知miRNA,就可以用bowtie将序列比对到miRBase数据库来确定,但是要鉴定新的miRNA只用这个数据库就不够了,就需要依据miRNA的结构特点,进行预测,这时候就要用到miRDeep2了。


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