如何研究不同物种在进化过程的远近关系，可以借助什么工具吗？？
杨少泽
2021-06-02 10:36
这个可以借助分子进化树或种系发生树来进行研究，进化树给出分支层次或拓扑图形，它是产生新的基因复制或享有共同祖先的生物体的歧异点的开发者_如何学Python一种反映，我们可以根据树枝的长度来分析不同物种的蛋白质之间的进化距离，而且可以粗略估计现存的各类种属生物的分歧时间。
李晓溪 2021-06-02 10:48
如同楼上所说，对于容易获得DNA的生物来说，最好的办法就是直接通过测序，然后通过软件构建系统进化树进行分析。
系统发生树（英语：phylogenetic tree）又称演化树（evolutionary tree），是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树状开发者_JAVA百科图。是一种亲缘分支分类方法（cladogram）。在图中，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间）。
2014-12-31 1 0分享 新浪微博 qq空间 微信
研究物种的进化过程和相关性，普遍借助化石等一些证据进行分析，结合各种各样的理论。其实，化石在我们了解已灭绝物种的长相，在了解它们生活于何时、何地的背景资料方面有重要作用，可信度最高。
另外，也可以应用UCE技术分析脊椎动物的基因相关性，这一技术是通过分析不同物种体中高度保守的部分基因组，得出相关性结果。
ty_翻滚吧299 开发者_运维知识库 2021-06-02 10:59
构建进化树的主要步骤是比对，建立取代模型，建立进化树以及进化树评估。鉴于以上对于构建系统树的评价，结合本实验室实际情况，以下主要介绍N-J Tree构建的相关软件和操作步骤。
2.1 用Clustal X构建N-J系统树的过程
(1) 打开Clustal X程序，载入源文件.
File-Load sequences- C: empjc.txt.
(2) 序列比对
Alignment - Output format options - √ Clustal format； CLUSTALW sequence numbers: ON
Alignment - Do complete alignment
(Output Guide Tree file, C: empjc.dnd；Output Alignment file, C: empjc.aln；)
Align → waiting……
等待时间与序列长度、数量以及计算机配置有关。
(3) 掐头去尾
File-Save Sequence as…
Format: ⊙ CLUSTAL
GDE output case: Lower
CLUSTALW sequence numbers: ON
Save from residue: 39 to 1504 (以前后最短序列为准)
Save sequence as: C: empjc-a.aln
OK
将开始和末尾处长短不同的序列剪切整齐。这里，因为测序引物不尽相同，所以比对后序列参差不齐。一般来说，要“掐头去尾”，以避免因序列前后参差不齐而增加序列间的差异。剪切后的文件存为ALN格式。
(4) File-Load sequences-Replace existing sequences?-Yes- C: empjc-a.aln
重新载入剪切后的序列。
(5) Trees-Output Format Options
Output Files : √ CLUSTAL format tree √ Phylip format tree √ Phylip distance matrix
Bootstrap labels on: NODE
CLOSE
Trees-Exclude positions with gaps
Trees-Bootstrap N-J Tree ：
Random number generator seed(1-1000) : 111
Number of bootstrap trails(1-1000): 1000
SAVE CLUSTAL TREE AS: C: empjc-a.njb
SAVE PHYLIP TREE AS: C: empjc-a.njbphb
OK → waiting……
等待时间与序列长度、数量以及计算机配置有关。在此过程中，生成进化树文件.njbphb，可以用TreeView打开查看。
(6) Trees-Draw N-J Trees
SAVE CLUSTAL TREE AS: C: empjc-a.nj
SAVE PHYLIP TREE AS: C: empjc-a.njph
SAVE DISTANCE MATRIX AS: C: empjc-a.njphdst
OK
此过程中生成的报告文件.nj比较有用，里面列出了比对序列两两之间的相似度，以及转换和颠换分别各占多少。
(7) TreeView
File-Open-C: empjc-a.njbphb
Tree- phylogram(unrooted, slanted cladogram，Rectangular cladogram多种树型)
Tree- Show internal edge labels (Bootstrap value)(显示数值)
Tree- Define outgroup… → ingroup >> outgroup → OK(定义外群)
Tree- Root with outgroup
通常需要对进化树进行编辑，这时首先要Edit-Copy至PowerPoint上，然后Copy至Word上，再进行图片编辑。如果直接Copy至Word则显示乱码，而进化树不能正确显示。
这个可以借助分子进化树或种系发生树来进行研究，进化树给出分支层次或拓扑图形，它是产生新的基因复制或享有共同祖先的生物体的歧异点的开发者_如何学Python一种反映，我们可以根据树枝的长度来分析不同物种的蛋白质之间的进化距离，而且可以粗略估计现存的各类种属生物的分歧时间。
李晓溪 2021-06-02 10:48
如同楼上所说，对于容易获得DNA的生物来说，最好的办法就是直接通过测序，然后通过软件构建系统进化树进行分析。
系统发生树（英语：phylogenetic tree）又称演化树（evolutionary tree），是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树状开发者_JAVA百科图。是一种亲缘分支分类方法（cladogram）。在图中，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间）。
2014-12-31 1 0分享 新浪微博 qq空间 微信
研究物种的进化过程和相关性，普遍借助化石等一些证据进行分析，结合各种各样的理论。其实，化石在我们了解已灭绝物种的长相，在了解它们生活于何时、何地的背景资料方面有重要作用，可信度最高。
另外，也可以应用UCE技术分析脊椎动物的基因相关性，这一技术是通过分析不同物种体中高度保守的部分基因组，得出相关性结果。
ty_翻滚吧299 开发者_运维知识库 2021-06-02 10:59
构建进化树的主要步骤是比对，建立取代模型，建立进化树以及进化树评估。鉴于以上对于构建系统树的评价，结合本实验室实际情况，以下主要介绍N-J Tree构建的相关软件和操作步骤。
2.1 用Clustal X构建N-J系统树的过程
(1) 打开Clustal X程序，载入源文件.
File-Load sequences- C: empjc.txt.
(2) 序列比对
Alignment - Output format options - √ Clustal format； CLUSTALW sequence numbers: ON
Alignment - Do complete alignment
(Output Guide Tree file, C: empjc.dnd；Output Alignment file, C: empjc.aln；)
Align → waiting……
等待时间与序列长度、数量以及计算机配置有关。
(3) 掐头去尾
File-Save Sequence as…
Format: ⊙ CLUSTAL
GDE output case: Lower
CLUSTALW sequence numbers: ON
Save from residue: 39 to 1504 (以前后最短序列为准)
Save sequence as: C: empjc-a.aln
OK
将开始和末尾处长短不同的序列剪切整齐。这里，因为测序引物不尽相同，所以比对后序列参差不齐。一般来说，要“掐头去尾”，以避免因序列前后参差不齐而增加序列间的差异。剪切后的文件存为ALN格式。
(4) File-Load sequences-Replace existing sequences?-Yes- C: empjc-a.aln
重新载入剪切后的序列。
(5) Trees-Output Format Options
Output Files : √ CLUSTAL format tree √ Phylip format tree √ Phylip distance matrix
Bootstrap labels on: NODE
CLOSE
Trees-Exclude positions with gaps
Trees-Bootstrap N-J Tree ：
Random number generator seed(1-1000) : 111
Number of bootstrap trails(1-1000): 1000
SAVE CLUSTAL TREE AS: C: empjc-a.njb
SAVE PHYLIP TREE AS: C: empjc-a.njbphb
OK → waiting……
等待时间与序列长度、数量以及计算机配置有关。在此过程中，生成进化树文件.njbphb，可以用TreeView打开查看。
(6) Trees-Draw N-J Trees
SAVE CLUSTAL TREE AS: C: empjc-a.nj
SAVE PHYLIP TREE AS: C: empjc-a.njph
SAVE DISTANCE MATRIX AS: C: empjc-a.njphdst
OK
此过程中生成的报告文件.nj比较有用，里面列出了比对序列两两之间的相似度，以及转换和颠换分别各占多少。
(7) TreeView
File-Open-C: empjc-a.njbphb
Tree- phylogram(unrooted, slanted cladogram，Rectangular cladogram多种树型)
Tree- Show internal edge labels (Bootstrap value)(显示数值)
Tree- Define outgroup… → ingroup >> outgroup → OK(定义外群)
Tree- Root with outgroup
通常需要对进化树进行编辑，这时首先要Edit-Copy至PowerPoint上，然后Copy至Word上，再进行图片编辑。如果直接Copy至Word则显示乱码，而进化树不能正确显示。
加载中,请稍侯......
精彩评论