启动子预测是如何实现的？？
唐爽
开发者_StackOverflow
2021-06-22 15:07
关于启动子预测，目前研究的并不是很好，如果做的深的话，可以写一篇博士论文了。
基于启动子区域的性质不同于其他功能区域的性质这一事实，现有的启动子区域识别算法基本上可分为3类：
1.基于信号的预测方法：基于信号的预测方法，单纯地使用已知的转录因子结合位点序列模式进行启动子预测，存在很高的假阳性率。
2.基于内容的预测方法：基于内容的预测方法的原理是，在DNA的调控区和非调控区之间局部的碱基和词组是不同的。
3.基于CpG岛的预测方法：基于CpG岛的预测方法是根据大部分的人类基因启动子都和CpG岛有关。
但须知道并不是所有的人类基因启动子都与CpG岛有关，如果单纯依靠CpG岛来进行预测的话，其正确率不会超过60%。
真核启动子预测仍旧是序列分析中最重要的问题之一。尽管已经提出了大量的算法，但仍旧需要进一步改进。有人提出了一个新的启动子预测方法：基于DNA的双链特征，将4种核苷酸A、T、C、G看成两种,即认为在基因序列中A和T相同，G和C相同。然后仍用boosting方法，构造分类器对长基因序列的启动子进行预测。试验结果表明,该方法的性能要好于PromoterInspector，DragonPromoterFinder(DPF)，Eponine，FirstEF及PPFB的性能。
啦啦啦555ABC 开发者_如何学编程 2021-06-22 15:21
http://www.epd.isb-sib.ch/ 真核生物的启动子网站
如果没有你想要的 ，就的自己调。
对于某些基因，可以根据网络数据库其他物种该基因的结构进行启动子区的同源扩增，能否成功取决于该基因调控区在物种间的的保守性。
构建一个基因组文库，用cDNA序列信息设计探针钓取阳性克隆后测序，经软件分析。
其他特殊PCR技术也可以实现启动子区的克隆。
所有方法，最后都必须用体外转录实验予以确认。
希望对你有帮助！
妙开发者_开发百科龄少女 2021-06-22 15:22
这个有很多网站软件可以预测的：http://bip.weizmann.ac.il/tool ... bases
http://www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html
http://sdmc.lit.org.sg/promote ... H.htm
http://www.gene-regulation.com ... match
http://ihome.cuhk.edu.hk/~b400 ... moter
http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalup.html
http://intra.psb.ugent.be:8080/PlantCARE/
http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/
http://bimas.dcrt.nih.gov/molbio/proscan/
http://thr.cit.nih.gov/molbio/signal/
http://molbiol-tools.ca/Promoters.htm
启动子分为细菌和真核生物的。
可以在线分析启动子和终止子。
liu 2021-06-22 15:32
启动子及转录单位预测对于了解基因间的功能及相互间的调节关系具有重要的作用，这方面的研究一直是生物信息学的一个重要方向，但预测的淮确率一直都很有限。
abbychou 2021-06-22 15:33
作为基因启动子DNA的序列是具有特征性结构的，可以看看启动子里面特有的核糖体结合位点，TATAbox 等结构，然后从得到的结果中选择，还有根据基因起始密码子的位置上推看看。在确定编码基因的起始密码子之后，指导基因表达的启动子序列一般位于其上游基因序列300-3 000 nt之间，鲜有例外。
启动子分为细菌和真核生物的，可以在线分析启动子。常用启动子预测的分析网址有：
http://bip.weizmann.ac.il/tool ... bases
http://www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html
http://sdmc.lit.org.sg/promote ... H.htm
http://www.gene-regulation开发者_如何学编程.com ... match
http://ihome.cuhk.edu.hk/~b400 ... moter
http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalup.html
http://intra.psb.ugent.be:8080/PlantCARE/
http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/
http://bimas.dcrt.nih.gov/molbio/proscan/
http://thr.cit.nih.gov/molbio/signal/
http://molbiol-tools.ca/Promoters.htm
推荐使用plantcare和place，都挺不错。希望能帮到你。
关于启动子预测，目前研究的并不是很好，如果做的深的话，可以写一篇博士论文了。
基于启动子区域的性质不同于其他功能区域的性质这一事实，现有的启动子区域识别算法基本上可分为3类：
1.基于信号的预测方法：基于信号的预测方法，单纯地使用已知的转录因子结合位点序列模式进行启动子预测，存在很高的假阳性率。
2.基于内容的预测方法：基于内容的预测方法的原理是，在DNA的调控区和非调控区之间局部的碱基和词组是不同的。
3.基于CpG岛的预测方法：基于CpG岛的预测方法是根据大部分的人类基因启动子都和CpG岛有关。
但须知道并不是所有的人类基因启动子都与CpG岛有关，如果单纯依靠CpG岛来进行预测的话，其正确率不会超过60%。
真核启动子预测仍旧是序列分析中最重要的问题之一。尽管已经提出了大量的算法，但仍旧需要进一步改进。有人提出了一个新的启动子预测方法：基于DNA的双链特征，将4种核苷酸A、T、C、G看成两种,即认为在基因序列中A和T相同，G和C相同。然后仍用boosting方法，构造分类器对长基因序列的启动子进行预测。试验结果表明,该方法的性能要好于PromoterInspector，DragonPromoterFinder(DPF)，Eponine，FirstEF及PPFB的性能。
啦啦啦555ABC 开发者_如何学编程 2021-06-22 15:21
http://www.epd.isb-sib.ch/ 真核生物的启动子网站
如果没有你想要的 ，就的自己调。
对于某些基因，可以根据网络数据库其他物种该基因的结构进行启动子区的同源扩增，能否成功取决于该基因调控区在物种间的的保守性。
构建一个基因组文库，用cDNA序列信息设计探针钓取阳性克隆后测序，经软件分析。
其他特殊PCR技术也可以实现启动子区的克隆。
所有方法，最后都必须用体外转录实验予以确认。
希望对你有帮助！
妙开发者_开发百科龄少女 2021-06-22 15:22
这个有很多网站软件可以预测的：http://bip.weizmann.ac.il/tool ... bases
http://www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html
http://sdmc.lit.org.sg/promote ... H.htm
http://www.gene-regulation.com ... match
http://ihome.cuhk.edu.hk/~b400 ... moter
http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalup.html
http://intra.psb.ugent.be:8080/PlantCARE/
http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/
http://bimas.dcrt.nih.gov/molbio/proscan/
http://thr.cit.nih.gov/molbio/signal/
http://molbiol-tools.ca/Promoters.htm
启动子分为细菌和真核生物的。
可以在线分析启动子和终止子。
liu 2021-06-22 15:32
启动子及转录单位预测对于了解基因间的功能及相互间的调节关系具有重要的作用，这方面的研究一直是生物信息学的一个重要方向，但预测的淮确率一直都很有限。
文献阅读：预测转录单位基础上的原核生物启动子预测
本文建立了在转录单位预测基础上进行原核生物启动子预测的新方法，首先根据基因间距离、功能关系及多基因比对结果来进行转录单位预测，得到了比较理想的结果，而且对于研究得比较透和研究得较少的基因组都适用。其后在转录单位预测结果基础上进行启动子预测则采用了隐Markov链模型，并在Markov链中考虑状态驻留时间。结果显示，该方法能有效开发者_运维技巧地预测出启动子序列及其位置，准确率达到70％以上。
abbychou 2021-06-22 15:33
作为基因启动子DNA的序列是具有特征性结构的，可以看看启动子里面特有的核糖体结合位点，TATAbox 等结构，然后从得到的结果中选择，还有根据基因起始密码子的位置上推看看。在确定编码基因的起始密码子之后，指导基因表达的启动子序列一般位于其上游基因序列300-3 000 nt之间，鲜有例外。
启动子分为细菌和真核生物的，可以在线分析启动子。常用启动子预测的分析网址有：
http://bip.weizmann.ac.il/tool ... bases
http://www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html
http://sdmc.lit.org.sg/promote ... H.htm
http://www.gene-regulation开发者_如何学编程.com ... match
http://ihome.cuhk.edu.hk/~b400 ... moter
http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalup.html
http://intra.psb.ugent.be:8080/PlantCARE/
http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/
http://bimas.dcrt.nih.gov/molbio/proscan/
http://thr.cit.nih.gov/molbio/signal/
http://molbiol-tools.ca/Promoters.htm
推荐使用plantcare和place，都挺不错。希望能帮到你。
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