外显子测序怎么应用于恶性肿瘤上?？
汤佳兴
开发者_C百科
2021-06-24 20:18
选取成组的样本，如癌组织、癌旁组织、转移癌组织、复发癌组织等。外显子组测序。同一病人成组样本间分析，筛选候选变异。不同病人候选变异的成组分析，发掘diver gene。生物学功能研究。
e49****49 2021-06-24 20:29 开发者_运维技巧
找寻潜在癌基因及抑癌基因，为肿瘤的分子诊断提供参考.
全外显子组测序技术由于对外显子的高覆盖而获得大量的基因样本。故即使在样本中肿瘤细胞含量较少和（或）样本纯度差异较大的情况下，其仍可较好的对外显子区域的基因突变进行测定，从而进一步确定肿瘤相关癌基因及抑癌基因，为肿瘤的早期诊断提供依据.
对14位配对的正常人及转移黑素瘤患者进行比较研究，发现TRRAP频发突变具有致癌功能；患者GRIN2A突变频率达33%；突变均发生在谷氨酸信号通路的编码区域，通过该信号通路的修饰达到抑制肿瘤生长成为潜在的治疗手段。
M27****9612 2021-06-24 20:38
突变过度积累可导致恶性肿瘤的发生。肿瘤细胞高度的遗传异质性极大地制约了对肿瘤遗传因素的发掘。此外,肿瘤突变大部分为新生体细胞突变,传统的GWAS在肿瘤遗传学研究中越来越捉襟见肘。Chang等利用外显子组测序对8种常用的癌症细胞系进行测序分析,结果显示对众多已知突变位点的分型结果与用Affymetrix SNP array6.0芯片的分型结果具有高度的一致性(95%)。这表明外显子组测序应用于癌症基因组的研究不仅廉价,而且十分可靠。近年来,利用全外显子组测序已经成功鉴定出多种肿瘤的众多变异。Brastianos等利用外显子组测序发现在92%(11/12)的颅咽管瘤患者中发现CTNNB1具有突变：其中3例乳头状颅咽管瘤患者为位于BRAF编码区的点突变(p.Val600Glu),扩大样本对该位点进行分型发现,约95%(36/39)的患者具有该点突变。Li等在57例胆囊癌-癌旁组织对照样本中利用外显子组测序发现多个患者中存在TP53(47.1%)、ERBB3(11.8%)和KRAS(7.8%)的突变;此外,ErbB通路相关基因在36.8%的患者中存在突变,提示该通路可能广泛参与胆囊癌的发生发展。Kakiuchi等对30例弥漫性胃癌样本进行外显子组测序,开发者_JAVA技巧并在57例样本中进行验证发现25.3%的弥漫性胃癌患者中存在RHOA的点突变,这些点突变主要有Tyr42、Arg5和Gly17等。
e49****49 2021-06-24 20:29 开发者_运维技巧
找寻潜在癌基因及抑癌基因，为肿瘤的分子诊断提供参考.
全外显子组测序技术由于对外显子的高覆盖而获得大量的基因样本。故即使在样本中肿瘤细胞含量较少和（或）样本纯度差异较大的情况下，其仍可较好的对外显子区域的基因突变进行测定，从而进一步确定肿瘤相关癌基因及抑癌基因，为肿瘤的早期诊断提供依据.
对14位配对的正常人及转移黑素瘤患者进行比较研究，发现TRRAP频发突变具有致癌功能；患者GRIN2A突变频率达33%；突变均发生在谷氨酸信号通路的编码区域，通过该信号通路的修饰达到抑制肿瘤生长成为潜在的治疗手段。
M27****9612 2021-06-24 20:38
突变过度积累可导致恶性肿瘤的发生。肿瘤细胞高度的遗传异质性极大地制约了对肿瘤遗传因素的发掘。此外,肿瘤突变大部分为新生体细胞突变,传统的GWAS在肿瘤遗传学研究中越来越捉襟见肘。Chang等利用外显子组测序对8种常用的癌症细胞系进行测序分析,结果显示对众多已知突变位点的分型结果与用Affymetrix SNP array6.0芯片的分型结果具有高度的一致性(95%)。这表明外显子组测序应用于癌症基因组的研究不仅廉价,而且十分可靠。近年来,利用全外显子组测序已经成功鉴定出多种肿瘤的众多变异。Brastianos等利用外显子组测序发现在92%(11/12)的颅咽管瘤患者中发现CTNNB1具有突变：其中3例乳头状颅咽管瘤患者为位于BRAF编码区的点突变(p.Val600Glu),扩大样本对该位点进行分型发现,约95%(36/39)的患者具有该点突变。Li等在57例胆囊癌-癌旁组织对照样本中利用外显子组测序发现多个患者中存在TP53(47.1%)、ERBB3(11.8%)和KRAS(7.8%)的突变;此外,ErbB通路相关基因在36.8%的患者中存在突变,提示该通路可能广泛参与胆囊癌的发生发展。Kakiuchi等对30例弥漫性胃癌样本进行外显子组测序,开发者_JAVA技巧并在57例样本中进行验证发现25.3%的弥漫性胃癌患者中存在RHOA的点突变,这些点突变主要有Tyr42、Arg5和Gly17等。
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