测序成本主要由那几方面因素决定呢？？

ozlocud 2021-07-05 06:11

现在测序有好几代测序，包括第一代测序、第二代测序、第三代测序。
从测序仪上讲：
第一代的测序方法，主要是sanger测序，准确性高，测序长度好（1K以上），但是测序通量低，而且价格昂贵。
第二代测序仪，主要有illumina的，solid和454几个常用的测序平台。第二代测序仪最大的有点就是价格便宜，通量非常高，准确性99%。 但是illumina主要的问题是测序长度短，100bp以上错误率就会大大提高。另外两个可以更长，但是成本也略比illumina高。短序列的reads在做基因组装的时候，遇到大的重复片段就会很麻烦。
第三代的测序仪，即所谓的单分子测序，可以测的长度很高，但是会引入第二代测序很少出现的indel（插入，缺失）的情况。
这三代测序基本特点是：
一代：通量太低，要拿到足够的数据就非常费钱。一代的Sanger测序的读长比较长（开发者_高级运维可以有七八百），而且比较方便测简单样品。缺点是单位价格高，而且样品必须是单一的。如果不是，你就得通过克隆文库一类的手段把样品弄成单一的。这成本和人力就高了去了。
二代：通量大，特别是Hiseq，一个lane跑下去估计够一代的跑好几个月甚至一年，所以相对来说成本低很多；但是读段太短，要拼长很困难，所以瓶颈主要在拼接组装的算法上，因为拼接往往比测序要费时费力的多。二代里面，454前几个月死掉了。illumina用的较多，现在可以双端150或者牺牲通量达到双端250，已经快达到了454的长度。现在illumina用得最多，在基因组、转录组等领域都有用。缺点是有的时候单个样品的测序通量嫌高，barcode不够用，不能用更多样品分摊通量。
三代现在貌似还不成熟，听说错误率比较高。

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